A hálózatot hivatalosan 2004 januárjában hozták létre egy alicantei találkozón. Ez a találkozó, amelyen a jelenlegi hálózat 8 partnere és 18 fiatal kutatói csoport vett részt, a résztvevők saját forrásaiból finanszírozták, akárcsak egy korábbi, 2003 júniusában az ENI London és az ENI Göttingen között megrendezett kisebb találkozó. Mindkét találkozót nagyon sikeresnek és inspirálónak ítélték a résztvevő fiatal kutatók, és a folytatást lelkesen támogatták.
Az alicantei találkozón megválasztották az irányító bizottságot (jelenleg végrehajtó bizottság), amelynek jóvá kell hagynia minden egyes csoportot, és ezért szigorú kiválósági kritériumokat alkalmaz. Ez a gyakorlat, valamint a részt vevő intézmények azon igénye, hogy versenyezzenek a fent említett programokban sikeres fiatal kutatókért, elősegíti a kiválóságra való tudatosságot és törekvést ezekben az intézményekben az ENI egyes csoportjain túl is.
Az akkor 14 partnerintézetből álló hálózat a 6. keretprogram 3. felhívásában (koordinációs cselekvés) pályázott az Európai Unióhoz hálózati forrásokért, és elfogadták. 2005 és 2010 között a hálózati tevékenységeket az Európai Bizottság finanszírozta. 2011 és 2015 között a hálózat finanszírozást kapott a Német Szövetségi Oktatási és Kutatási Minisztériumtól (BMBF). 2016-tól a hálózatot magán- és állami finanszírozás fogja támogatni.
Az ENI-NET az évek során jelentősen bővült, több intézet is csatlakozott a kezdeti partnerintézetekhez. 2016-ban a hálózat 53 fiatal kutatói csoportból áll 23 ENI intézetben, 15 európai országban.
